El tratamiento de las enfermedades periodontales varía en función del estado de avance de la patología.  Periodoncista se encargará de realizar una evaluación y pautar el plan de tratamiento más indicado.

Si la enfermedad se encuentra en un periodo inicial, es necesario eliminar las bacterias acumuladas mediante una profilaxis profesional, realizada por profesionales como el dentista o el higienista dental.

En el caso de la periodontitis, el tratamiento suele organizarse en dos fases. En la fase básica se eliminan las bacterias periodontales mediante el raspado y alisado radicular. En enfermedades cuyo estado es más grave se considerará acceder a las bolsas periodontales profundas realizando una cirugía periodontal. A veces, en este tipo de fases se aplican técnicas de regeneración ósea. Si las encías están muy retraídas puede llevarse a cabo una cirugía periodontal con injertos para cubrir la parte que se ha perdido tras su deterioro.

Es necesario instruir a los pacientes sobre qué es la enfermedad periodontal para que adquieran hábitos de higiene oral adecuados, abandonen el hábito tabáquico y puedan prevenir que la afección periodontal vuelva a manifestarse.